Dans les mois qui suivent le retour en Espagne de la Victoria, la question de l’appartenance des Moluques se pose. La couronne de Castille revendique en effet les îles, bien que celles-ci ne se trouvent, a priori, pas dans sa zone d’influence.
Le traité de Tordesillas
Après la découverte des Amériques par Christophe Colomb en 1492, le Portugal revendique ces nouvelles terres en vertu du traité d’Alcáçovas (4 septembre 1479), entériné par la bulle pontificale Æterni regis (21 juin 1481). Cette dernière confirme la possession castillane des îles Canaries, mais affirme également que tous les territoires situés au sud de celles-ci (connus ou à découvrir) sont propriété du Portugal (à la condition qu’ils soient évangélisés).
Or, l’île de Guanahani (ou San Salvador), aux Bahamas (24°02’N), première terre accostée par Colomb lors de son premier voyage, se situe à une latitude plus méridionale que les Canaries (28°32’N).
Informé de la découverte, Jean II le Parfait (João II o Príncipe Perfeito) annonce début 1493 son intention d’envoyer une flotte en Amérique pour prendre possession de ces nouvelles terres. Ferdinand II le Catholique (Fernando II el Católico) sollicite alors l’intervention du pape Alexandre VI : il estime que Colomb ayant toujours navigué vers l’ouest, le traité n’a pas été enfreint.